BPA penganalisis jisim perangkap ion menggunakan struktur perangkap ion linier, elektrodnya diproses oleh PCB, dan keratan rentasnya direka bentuk menjadi segi empat tepat. Sebab-sebab untuk menggunakan reka bentuk ini adalah seperti berikut: pertama, perangkap ion linier mempunyai kapasiti penyimpanan ion dan kecekapan penangkapan ion yang lebih tinggi daripada perangkap tiga dimensi tradisional, sehingga mempunyai kepekaan yang lebih tinggi dalam analisis dan pengesanan; Kedua, segi empat tepat adalah salah satu struktur geometri termudah, yang sangat sesuai untuk pemesinan dan pemasangan. Ketiga, harga PCB rendah, teknologi dan kaedah pemprosesan matang.

Perangkap ion PCB terdiri daripada dua pasang elektrod PCB dan sepasang elektrod penutup hujung logam. Semua elektrod PCB tebal 2.2 mm dan panjang 46mm. Permukaan setiap elektrod PCB dimesinkan menjadi tiga bahagian: elektrod tengah 40mm dan dua elektrod hujung 2.7mm. Pita penebat selebar 0.3mm dimesinkan antara elektrod tengah dan elektrod dua hujung sehingga voltan operasi yang berbeza dapat dimuatkan pada elektrod tengah dan elektrod dua hujung masing-masing. Empat lubang kedudukan dengan diameter 1mm diproses pada elektrod di kedua-dua hujungnya untuk pemasangan perangkap ion. Elektrod penutup akhir diperbuat daripada keluli tahan karat dengan ketebalan 0.5 mm dan diproses menjadi bentuk khas, sehingga dapat dipadankan rapat dengan lubang posisi di kedua ujung elektroda PCB untuk membentuk perangkap ion PCB.

Semasa penganalisis jisim perangkap ion berfungsi, voltan frekuensi radio diterapkan pada elektrod tengah PCB untuk membentuk medan elektrik terikat AC radial, sementara voltan dc diterapkan pada elektrod dua hujung untuk membentuk medan elektrik terikat paksi DC. Lubang dengan diameter 3mm diproses di tengah setiap elektrod penutup akhir. Ion yang dihasilkan oleh sumber ion luaran dapat memasuki perangkap ion melalui lubang pada elektrod penutup akhir, dan diikat dan disimpan di perangkap ion di bawah tindakan bersama medan elektrik terikat AC radial dan medan elektrik terikat paksi DC. Salah satu daripada dua pasang elektrod PCB di mesin berpusat dengan celah lebar 0.8 mm sebagai saluran pengekstrakan ion, yang digunakan untuk melepaskan ion yang tersimpan dalam perangkap ion dari perangkap secara selektif untuk pengesanan dan analisis kualiti.